畜禽粪污的处理应该坚持“减量化、无害化、生态化、资源化”的“四化”原则。
（1）减量化
畜禽养殖污染源点多、面广、数量大，畜禽粪便污染治理必须特别强调减量化优先的原则，可通过养殖结构调整、开展清洁生产，如改进养殖场生产工艺，进行科学的饲养管理，采用用水量少的干清粪工艺，减少畜禽粪污的产生量与排放量，多种途径实施干湿分离、雨污分离、饮排分离等科学手段和方法，来达到降低污水数量及浓度，降低处理难度及处理成本的目的。
（2）无害化
畜禽粪便污染的治理必须符合“无害化”的要求，使之在处理过程中与利用时不会对畜禽的健康生长产生不良影响，不会对作物栽培产生不利的因素，排放的污水和粪便不会对人的饮用水构成危害。
（3）生态化
解决畜禽养殖业污染的根本出路是确立经济可持续发展的思想，发展生态型畜牧业，将整个畜禽养殖业纳入大农业、实现种养结合或渔牧结合，全盘规划、以地控畜，以农养牧，以牧促农，实现系统生态平衡，并在畜禽粪污治理上实现就地吸收、消纳，降低污染，净化环境。
（4）资源化
所谓畜禽粪便污染物资源化，就是通过一定的设施、设备和科学技术的运用和处理，将粪便由废弃物变成资源，变成大农业所需要的肥料、饲料和燃料，使之肥料化、饲料化、能源化。