无害化处理设备很多时候所接触的是一些动物的尸体，动物养殖一般是进行屠宰而不是进行无害化的处理，所以要使用到该设备的情况中一般是这些动物是非正常死亡的动物，尤其以生病死亡动物为首，在处理的时候就造成了一些方面的污染，所以要做好相应的消毒工作，防止其发生传染等问题，保障其它动物的安全，而这其中就包含着我们人类。
无害化处理设备消毒工作可不包含罐内，因为罐内工作的时候是一种高温的环境，本身病菌就进行了杀灭所以不需要再进行额外的消毒，当然也要平日里做好相应的清洁工作，注重消毒的地方在无害化处理的罐门处、还有着相应的运输方面，对于物料车等也要做好相应的消毒工作，除此之外对受水淹圈舍、食槽、畜禽用具、运输工具，要进行全 面消毒，实际使用的时候每隔一段时间就应该做一次全 面的消毒工作，而对于运输车以及相应的暂存点等要经常的进行消毒。
无害化处理设备本身其实就算是一种消毒的设备，在进行了处理后动物尸体内的病菌都被进行了高温的杀菌处理，所以叫做无害化处理设备。使用它能将病死动物尸体快速的进行处理掉，对于病菌的杀灭有着很好的作用，